El origen de Honrubia es incierto, pero se cree que surgió durante la repoblación de Alfoz de Alarcón, en un lugar de tierras fértiles y donde manaban manantiales y fuentes, y que era cruce de caminos, ya que por allí pasaban una cañada real, el camino real desde la Mancha hacia Cuenca y el bajo Aragón, el camino militar de Madrid a Valencia y una antigua calzada romana que partía de Minaya e iba hacia Valeria. La primera edificación era una posada que surgió en el antiguo camino de Cuenca (actualmente Calle Cuenca); y alrededor de esa posada fue surgiendo la aldea.
El primer documento encontrado donde se menciona a Honrubia es un manuscrito de 1184, en el que se nombran las 63 aldeas pertenecientes a Alarcón, tales como: Honrubia, Alcañavate, Atalaya, Cañada, Vara de Rey, La Roda y Albacete.
Durante la Edad Media, Honrubia perteneció al Marquesado de Villena. Este marquesado se extendía por gran parte de las provincias de Cuenca, Albacete, Valenca y Alicante; su capital era Alarcón y pertenecía a Juan Pacheco, Marqués de Villena. Durante este periodo, Honrubia fue repoblada por colonos del Marquesado de Villena, que se dedicaban principalmente a la agricutura.
